No os ha ocurrido que no podéis eliminar una carpeta a través del ftp, el problema se debe a que estáis intentando eliminar una carpeta que posee un archivo oculto normalmente el .htaccess, para poder visualizarlo con filezilla debemos activar la opción «Forzar mostrar archivos ocultos.»
Para ello en la opción Servidor , podremos activar o desactivar los archivos ocultos.
